Nació en Lvov, que hasta 1939 formaba parte de Polonia (y en la actualidad de Ucrania). Stanisław inició sus estudios de medicina en la Universidad de Leópolis, pero la Segunda Guerra Mundial le obligaría a interrumpirlos. Durante la guerra fue miembro de la resistencia. Trabajaba como soldador y mecánico, puesto desde el cual realizaba algunas acciones de sabotaje. Durante 1942 su familia se salvó de las cámaras de gas de Belzec, gracias a documentación falsa y por huir justo a tiempo del gueto de la ciudad. Dos años después, el ejército de la URSS tomó la ciudad y Stanisław fue "repatriado" en 1946 a Cracovia, donde retomó sus estudios de medicina en la especialidad de psicología. Ese mismo año publicó su primera obra, El hombre de Marte, en una revista juvenil. Recibió graduaciones honorarias del Politécnico de Breslau y de las universidades de Opole, Lvov y Universidad Jaguelónica. Trabajó como ayudante de investigación en una institución científica y comenzó a escribir narraciones breves en su tiempo libre.
En 1948, acabó su primera novela, El hospital de la transfiguración, que no publicará hasta 1955 por problemas con la censura comunista. Su primera obra publicada es Los astronautas (1951), de estilo utópico. Temas e influencias como la cibernética, que defiende Lem, se prohíben por considerarse una influencia negativa originada por el capitalismo.
Lem fue miembro honorario de la SFWA (asociación de escritores norteamericanos de ciencia ficción y fantasía) en 1973, pero fue expulsado en 1976 tras declarar que la ciencia-ficción estadounidense era de baja calidad literaria y estaba más interesada en el aspecto comercial que en desarrollar nuevas ideas o formas literarias. En 1977, fue reconocido como ciudadano honorario de Cracovia.
Con el colapso del comunismo en 1989, abandonó en cierto modo la ciencia ficción y se dedicó a escribir informes de análisis para algunos gobiernos y organizaciones sobre el futuro más cercano. Con el desarrollo de internet en la década de los años 90 también planteó en su obra ciertos problemas éticos y tecnológicos causados por esta nueva revolución industrial.
En sus últimos años, fue miembro fundador de la Sociedad Polaca de Astronáutica, y trabajó en áreas como las matemáticas, cibernética y filosofía. Desde 1973 hasta sus últimos años, enseñó literatura polaca en la Universidad de Cracovia. Falleció el 27 de marzo de 2006 en Cracovia a los 84 años de edad, después de una larga enfermedad coronaria.
Solaris, su obra más leída y traducida fue llevada al cine en 1972 por el director soviético Andrei Tarkovski y pronto fue considerada película de culto. Aclamado en los países del Este, el filme obtuvo el Gran Premio Especial del Jurado en el Festival Internacional de Cine de Cannes y muchos lo consideraron la respuesta soviética a 2001: Una odisea del espacio, de Stanley Kubrick.
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